Лекционная презентация:
Далее - комментарии к ней и дополнительные материалы.
Устные комментарии по содержанию и ходу презентации (собственно, лекция):
Рекомендуемая литература по теме занятия:
Общая биофизическая картина метаболизма, биохимических/биофизических процессов и участвующих в них молекул - в книге Ястребова в списке основной литературы; кроме того, в презентации есть активные ссылки на онлайн-материалы по содержанию основных слайдом; оригинальная статья Селькова - - в списке классических работ.
Общий обзор экспериментальных результатов и модельный подходов к гликолитическим автоколебаниям:
- Richard P. The rhythm of yeast. FEMS Microbiology Reviews 27 (2003), 547-557 [ссылка на статью в свободном доступе]
Полномасштабная кинетическая модель гликолиза:
- Hynne F., Danø S., Sørensen P.G. Full-scale model of glycolysis in Saccharomyces cerevisiae. Biophysical Сhemistry, 94 (2001), 121-163.[ссылка на статью на сайте журнала]
Более подробное исследование стабильности процессов, описываемых этой моделью, в том числе подтверждение ключевой роли фосфофруктокиназы не только как фермента, включенного в центральный этап гликолиза, но и как регулятора, обеспечивающего стабильность всего каскада в целом за счет петли отрицательной обратной связи:
- Gehrmann E., Gläßer C., Jin,Y., Sendhoff B., Drossel B., Hamacher K. Robustness of glycolysis in yeast to internal and external noise. Physical Review E, 84 (2011), 021913 [ссылка на статью на сайте журнала]; сопутствующий популярный обзор основных выводов этой статьи: Gross T. (2011). Untangling energy metabolism. Physics, 4, 63 [ссылка на материал в свободном доступе].
Статьи, обсуждающие и обосновывающие роль автоколебаний в эффективности и устойчивости процесса гликолиза на простых моделях:
- Richter P. H., Ross J. Oscillations and efficiency in glycolysis. Biophysical Сhemistry, 12 (1980), 285-297 [ссылка на статью на сайте журнала]
- Richter P.H., Ross J. Concentration oscillations and efficiency: glycolysis. Science, 211 (1981), 715-717 [ссылка на статью на сайте журнала]
- Chandra F.A., Buzi G., Doyle J.C. Glycolytic oscillations and limits on robust efficiency. Science, 333 (2011), 187-192 [ссылка на статью на сайте журнала]
